Emaus powstała jako wieś uliczna z podwójną ulicą, posiadającą karczmę i budy, w których wytwarzano mydło. Należała do Siedlec (Schidlitz) i stopniowo wraz z częścią miejscowości Krzyżowniki (Tempelburg) i Nowolipki (Dreilinden) stała się samodzielną wsią. Siedlce i Emaus aż do końca XVII wieku posiadały wspólną historię.
Siedlce powstały w czasach panowania książąt wschodnio-pomorskich, przy założeniu gdańskiego klasztoru dominikańskiego w 1227r. Książę Świętopełk w kazaniu zakonnym w kościele św. Mikołaja nadał jej przywileje i prawa, co wzmocniło ją gospodarczo: ofiarował między innymi klasztorowi położoną na zachód od miasta Kotlinę Siedlecką i zezwolił na powstanie przy Potoku Siedleckim stawu rybnego, młyna i innych urządzeń. Syn księcia Mestwin II potwierdził nadane przez ojca prawa i przywileje, ponadto nakazał spiętrzyć Potok Siedlecki, aby ułatwić mnichom i mieszkańcom korzystanie z wody pitnej oraz wody użytkowej zasilającej młyn i staw rybny.
Wojny nie oszczędzały Emaus: w marcu 1813 r. w walkach między wojskami rosyjskimi a batalionem wschodniopruskim zniszczona i spalona została cała okolica, a po Emaus zostały tylko nędzne pola kartofli. Po wojnach napoleońskich przybyli na ziemię gdańską melchici z Salzburga i osiedlili się w Emaus; ci pierwsi Melchici zmarli na cholerę i zostali pogrzebani w Wonnenbergu. Od nich pochodzą nazwiska pierwszych rodzin emauserskich: Anton, Zyburra, Szepiński, Holz, Schramm, Pagel, Beresiński, Bauer. W 1820r. Stary i Nowy Emaus liczył 56 mieszkańców, z czego 11 ewangelików, 37 katolików i 8 mennolitów.
W latach 1844-1847 z powodu kolejnych nieurodzajów nastąpiły lata głodu i biedy (podstawowym środkiem spożywczym w Emaus były kartofle, które gniły z powodu chorób).1 kwietnia 1862 r. została zawieszona lokalna poczta osobowa między Gdańskiem a Kartuzami. Wprowadzono natomiast codzienną sześciomiejscową komunikację osobową między Gdańskiem a Słupskiem przez Kartuzy. Przystanki w naszej okolicy to: Tempelburg (Krzyżowniki) przy urzędzie celnym, Christianenhof (Zaborniki) na odgałęzieniu drogi do Miggau (Migowa) i Nenkau (Jasień) przed karczmą. Opłata wynosiła 7 srebrnych groszy za milę z 15 kilogramowym bagażem. 24 maja 1887r. została otwarta jednotorowa linia kolei konnej Gdańsk-Emaus o długości 2,4 km. Właścicielem linii było Gdańskie Towarzystwo Kolei Żelaznej. W latach 1895-1896 linia tramwajowa została zelektryfikowana i funkcjonowała od otwarcia w dniu 12 sierpnia 1896r.
21 stycznia 1869 r. po spisie szkolnym nastąpiły pertraktacje w sprawie utworzenia szkoły w Emaus, pod patronatem miasta Gdańsk. Rok później w pomieszczeniach starej fabryki octu powstała szkoła jednoklasowa, z ewangelickim nauczycielem. Około 1886r. powstała druga klasa szkoły podstawowej i ze względu na duża ilość uczniów katolickich zatrudniono katolickiego nauczyciela. W roku 1893 utworzono trzecią klasę szkoły podstawowej, zaś nauczycielem został ewangelik Ross. Pod koniec XIX w. został rozbudowany budynek szkolny przy Kartuskiej 204. Miał on 6 pomieszczeń klasowych, pokój lektora i nauczyciela, do tego mieszkanie na górnym piętrze dla lektora i w suterenie mieszkanie dla woźnego.
W 1875 r. gmina miejska Emaus należała urzędowo do Wonnenbergu (Ujeścisko) i liczyła sobie 1150 mieszkańców. Ewangelicy należeli do parafii w Wonnenbergu, zaś katolicy do kościoła św. Mikołaja w Gdańsku. W sumie na 712 morgach znajdowało się w Emaus 58 gospodarstw, w tym: 264 konie, 71 krów, 79 wołów, 4 owce, 88 świń, 59 kóz i 41 pasiek. Ponadto Emaus posiadała 2 większe i 38 mniejszych chałupniczych stanowisk pracy. Według spisu powszechnego przed 02 XII 1895 r. gmina Emaus miała ogólnie 168,4 ha powierzchni, z trzema placami mieszkalnymi (Emaus, Nowolipki, Krzyżowniki), 83 zamieszkałe domy, 3 inne zabudowania (szkoła, zajezdnia tramwajowa, ośrodek wychowawczy). W 284 gospodarstwach domowych mieszkało po dwie i więcej osób, 7 gospodarstw było męskich, 15 podobnych gospodarstw żeńskich oraz dwa domy wspólnego pobytu. W tym czasie Emaus liczyła 1554 mieszkańców, z tego 860 mężczyzn i 694 kobiet. Z tej liczby 593 stanowili ewangelicy, 957 katolicy i 4 osoby innego wyznania.
Koło listopada 1906r. położono sieć energetyczną nad powiatem gdańskim, do Emaus prąd podłączono pod koniec 1909r. W przeciwieństwie do reszty Siedlec, Emaus posiadało oświetlenie uliczne. Lata 1926-1929 były okresem rozkwitu budowy domów. Powstał urząd telegraficzny, liczne związki katolickie oraz sportowe (np. “Wacker”). Powstał związek “Deutsche Jugend Kraft” pod przywództwem młodego wikarego kościoła św. Franciszka, oraz związek śpiewaczy “Jung Siegfried”. Według spisu z sierpnia 1930r., Emaus posiadało 2503 mieszkańców, w tym 1273 mężczyzn i 1230 kobiet. Emaus posiadało własną radę gminną, w skład której wchodzili przede wszystkim socjaldemokraci, centrum i narodowcy niemieccy. Komuniści mieli mały niewielki wpływ na dyskusje. Przy ulicy Kartuskiej znajdowały się sklepy, karczmy, restauracje, kwitł handel i rzemiosło.
Wraz z wybuchem wojny 1 września mieszkańców objął obowiązek służby wojskowej, jedynie nieliczni zgłosili się do wojsk Wehrmachtu na ochotnika. Klęska Niemiec i wmaszerowanie wojsk rosyjskich i polskich w marcu i kwietniu spowodowały gwałty, rabunki i ogromne zniszczenia. Nie było wody pitnej, światła i prądu, z powodu chorób (przede wszystkim tyfusu) umierały dzieci i starcy. Po 25 czerwca 1945 roku nakazano opuszczenia swoich domów: ludzie musieli w ciągu 3 godzin wyjść na zewnątrz z tym, co mogli udźwignąć. Pod eskortą milicji polskiej i żołnierzy przepędzono wygnańców do obozu przejściowego, następnie podstawiony został pociąg do Szczecina -Scheune. W czasie jazdy pilnujący milicjanci byli pijani i nie interesowali się wypędzonymi, pociąg stawał w polu i wygnańcy często byli napadani i obrabowywani (przejazd na własną ręke kosztował 300zł od osoby, pośredniczył w tym Czerwony Krzyż). W Szczecinie rozłączano krewnych, chodziły patrole z psami wyszukujących młodych i silnych mężczyzn. Ze Szczecina przetransportowano wypędzonych do następnego obozu przejściowego i tam rozdzielano na różne strefy. Wielu Emauserów trafiło do strefy brytyjskiej w Mecklenburgu i przez obóz Frydland byli wreszcie na wolności.
